Можно ли пройти регистрацию через Сайт ereg.e-gov.kg если иностранный гражданин просрочил предыдущую регистрацию?

Да. Можно. При оформлении заявок на регистрацию, имеется графа “Квитанция оплаты штрафа превышения срока пребывания(.jpg,.pdf) есть возможность добавить протокол о правонарушениях.